Le conseil militaire de transition, le conseil national de transition et le gouvernement de transition sont les trois organes définis par la charte pour gérer le pays. Le conseil militaire, composé de quatorze généraux et présidé par Mahamat Idriss Déby, fils du défunt président
, représente le pouvoir exécutif. Il définit les grandes orientations de la politique générale et promulgue les lois.Composé de 93 membres « issus de toutes les classes de la société », selon le texte, le conseil national de transition assurera le pouvoir législatif. Il aura notamment l’importante tâche d’examiner le projet de nouvelle Constitution. Quant au gouvernement, il doit assurer la mise en œuvre des textes.
Une transition de 18 mois
La charte confère en réalité les quasi pleins pouvoirs au président du conseil militaire qui choisit et nomme les membres de chacun des organes de la transition. Il « occupe les fonctions de président de la République, chef de l’État et chef suprême des armées ».
La transition, selon ces termes, devrait durer dix-huit mois, délai au-delà duquel une nouvelle Constitution devra être adoptée. Le conseil national se réserve néanmoins le droit de proroger cette période, une seule fois.